В то же время, в феврале 1905 года, Витте образовал при комитете министров Особое Совещание по церковным вопросам, в которое вошли: один из самых образованных и блистательных наших иерархов того времени — епископ Сергий (Страгородский) и группа профессоров Духовной Академии.

Они должны были более конкретно разработать проект возможных изменений в положении Церкви. Среди профессоров: Заозерский, Тихомиров, Павлов, Суворов. Это Особое Совещание разработало еще один документ — «О современном положении Церкви». Будучи приглашенными главой комитета, профессора чувствовали себя более свободно, чем митрополит Антоний, и многие вещи называли своими именами.

В документе Особого Совещания синодальная система прямо называется неканоничной, ставится вопрос о немедленном созыве Поместного Собора с участием приходского духовенства и мирян. Предлагается ряд мер, направленных на децентрализацию управления (речь шла о возвращении законных права епархиальным архиереям), на улучшение положения духовенства, реформу Духовных школ.

Записка привела в ярость Константина Петровича Победоносцева по ряду причин. Во-первых, это было явным вмешательством в сферу деятельности обер-прокурора; во-вторых., Победоносцев был не только против церковных преобразований, но и против государственных, и считал Витте одним из самых зловредных государственных деятелей России. В-третьих, он был возмущен, что правительство через его голову обращается к царю по церковным вопросам. 12 марта 1905 года Победоносцев поручил обер-секретарю синодальной канцелярии Рункевичу составить возражение против записки Витте. Аргументация этого возражения была очень слаба и сводилась к попытке доказать каноничность синодальной системы.

Мнение Победоносцева было следующим: синодальная система стала органичной составной частью русской церковной жизни. И хотя он не мог не видеть противоречия между синодальной системой и канонами, он исходил из следующего: Россия идет по особому пути, синодальная система — плод самобытной жизни Русской Православной Церкви.

Действительно, Государи в России и до Петра I вмешивались в церковную жизнь. Петр это вмешательство юридически оформил, но оформил, исходя из опыта протестантских государств. Последнее обстоятельство Победоносцев игнорировал, считая, что ограничение прав Императора в церковной жизни приведет к ее разрушению. Он искренне отстаивал эту точку зрения, считая, что мир идет к концу, и любые перемены могут оказаться очень вредными. Это был консерватор, который, по характеристике К. Леонтьева, «умерщвлял все живое, что появлялось вокруг него». В то же время для народа Победоносцев был тем, кто отстаивал традиционные формы церковной жизни. В каком-то смысле слова, у него был менталитет протестанта, который ценил Православие как форму культурно-исторического самовыражения Русского народа, и это делало его, сильнейшего юриста, совершенно равнодушным к аргументам иерархов, говоривших о неканоничности синодальной системы. В ответ на возражение Победоносцева в марте 1905 года появляется записка Витте, подготовленная для него профессорами Духовной Академии, в которой очень четко развенчивается аргументация Победоносцева.

Между митрополитом Антонием и Победоносцевым возникает конфликт. Победоносцев считает, что митрополит Антоний интригует против него, и настаивает на том, чтобы обсуждение церковных проблем было перенесено в Синод, а Особое Совещание — упразднено. Он надеялся, что в Синоде все архиереи выступят вместе с ним против митрополита Антония.

Вопрос был перенесен в Синод, который, однако, не оправдал надежд Победоносцева. 22 марта 1905 года в Синоде была составлена записка к Государю. В записке Синод, ссылаясь на каноны (например, 4-е и 5-е постановления Никейского Собора, где говорится о созыве Поместных Соборов каждые полгода), обосновывал необходимость созыва Поместного Собора, на котором необходимо избрать Патриарха. Состав Синода должен быть изменен, избираться он должен на Соборе и действовать как орган при Патриархе, а не при Государе. Победоносцев был обескуражен тем, что Синод, столько лет бывший ему полностью послушным, выступил против него.

31 марта Николай II, познакомившись с запиской синодалов, наложил резолюцию о готовности созвать Собор в благоприятное для сего время. Я думаю, что тогда это не было отговоркой. Император действительно поддержал идею созыва Собора, но ситуация в стране была очень сложная.

Победоносцев, увидев, что Император готов пойти навстречу сторонникам Собора, решил опереться на епархиальных архиереев. Он считал, что решение Синода — результат давления на него митрополита Антония, и поэтому поставил на Синоде вопрос о том, чтобы все епархиальные архиереи до конца 1905 года представили свои мнения о целесообразности церковных преобразований. Соответствующий указ появился 27 июля 1905 года. Каждый архиерей мог высказать свою точку зрения не только на преобразования, но и вообще на положение дел в Церкви. Победоносцев не был против разового совещания, но о патриаршестве он и слышать не хотел, считая, что возглавление иерархии самодержавным Государем — самое благоприятное для Церкви в России.

В это время события в политической жизни продвигались вперед. Необходимость реформ все более осознавалась в высших кругах, результатом чего стал манифест Императора от 17 октября 1905 года о даровании широкого перечня свобод русскому обществу и о создании Государственной Думы с законодательными функциями. В апреле 1906 года, после внесения изменений в законы Российской империи и возникновения конституционной монархии, самодержавие перестало существовать в своем прежнем статусе — как неограниченная монархия.

Победоносцев был против всего этого. Он ждал результатов отзывов епархиальных архиереев. Но время не терпело. 17 апреля 1905 года правительство издало временное постановление о веротерпимости, которое даровало свободу всем конфессиям. Некоторые ограничения оставались для иудеев и для старообрядцев (позже и старообрядцы были полностью уравнены в правах), а в положении Православной Церкви ничего не менялось. Произошло именно то, чего боялся митрополит Антоний.

Желая активизировать полемику вокруг преобразований, Митрополит Антоний ждал благословения на опубликование в Церковном Вестнике, официальном органе печати, записки о необходимости перемен в русском церковном правлении. Записка, написанная тридцатью петербургскими священниками,  которая впоследствии получила название  «Записка тридцати двух», появилась 15 марта 1905 года. Среди этих священников мы видим и серьезных пастырей, и некоторых будущих обновленцев. В этой записке, адресованной митрополиту Антонию, петербургские священники, а они считались элитой среди духовенства, поддерживали преобразования, предлагавшиеся митрополитом Антонием.

Кроме тех мер, о которых шла речь выше, в записке выдвигались справедливые требования об упразднении практики перемещения епископов с кафедры на кафедру, уравнении всех епархий и кафедр, упразднении наград духовенству. Авторы записки настаивали на том, чтобы в приходском управлении присутствовало соборное начало, а настоятель опирался на мнение паствы. Кроме того, предлагалась выборность епископата и духовенства. Таким образом, эти требования были весьма радикальны.