На основании комитетского проекта 1808 г. духовные школы, как известно, в первый раз были объединены под управлением комиссии духовных училищ в виде особого духовно-учебного ведомства, разделенного на академические округи, и получили общие однообразные уставы.

Академии оставлены с одним высшим образованием для воспитанников, уже кончивших семинарский курс. Семинариям (по одной на епархию) предоставлено среднее духовное образование. Низшие училища - уездные (по 10 на епархию) и приходские по благочиниям (по 30 на каждую епархию) должны были разделить между собой труд низшего образования детей. Число всех школ на деле не достигло до предположенной цифры, - низших школ открыто всего до 300, академий оставлено пока 3, так как Казанская академия была в 1818 г. на время обращена в преобразованную семинарию с присоединением ее округа к московскому и открыта в предположенном виде уже в 1842 г.; но предположения относительно самой организации духовных школ были осуществлены вполне. Β 1814 г. были изданы их уставы, написанные отчасти Сперанским, но главным образом Феофилактом. По своему общему характеру все духовные школы организованы были в виде сословных школ смешанного типа, с общеобразовательным и специальным курсами вместе. Образование в них по-прежнему сделано обязательным для детей духовенства; число их учеников при Александре I дошло до 46000. Курс низших школ имел общий элементарный характер, вследствие чего в эти школы дозволялось принимать учеников и из других сословий, кроме духовного. Β семинариях, составленных из трех двухгодичных отделений, называвшихся по главным своим предметам риторикой, философией и богословием, последнее отделение имело специальный духовный характер. Β академиях курс делился на два двухгодичных отделения - общеобразовательное и специально-богословское. Кончившим курс в духовных школах всех трех разрядов определены были известные служебные права. Студентов академии по окончании курса положено удостаивать ученых степеней кандидата и магистра и особых окладов по этим степеням (кандидатов по 250 руб. ассигн., магистров по 350), если они примут на себя свящ. сан; магистры в свящ. сане получали еще особые кресты. B 1814 г. комиссия духовных училищ удостоила в первый раз несколько духовных лиц степени доктора богословия - для докторов тоже были назначены особые оклады (500 рублей ассигн.) и докторские кресты. На содержание всех духовных школ назначено было 923 350 руб. в год, а с 1820 г. - до 1674120 руб.; оклады академий возвысились до 78 600 руб., семинарий до 20 000 - 31 000, уездных училищ до 2 000 - 2 650, приходских до 730 - 1 060 руб. Все школы пришли после этого в заметное оживление; повсюду поднялась стройка и перестройка их зданий; улучшилось содержание и учителей, и казеннокоштных учеников. Улучшению бурсацкого содержания, впрочем, много помешало то, что вследствие бедности духовенства училищные начальства должны были принимать на казенный кошт много бедных учеников сверх штата, причем на содержание их приходилось урезывать содержание штатных бурсаков; кроме того, низшие училища и теперь ничего не получили на содержание своих бурс, часто очень многолюдных, поэтому им тоже приходилось помогать из семинарских же окладов. Содержание своекоштных учеников осталось, разумеется, в прежнем виде. B 1836 г. последовала новая прибавка к училищным окладам вполовину против прежних окладов, но преимущественно в пользу личного состава духовных школ. Β начале 1840-х годов произведены были некоторые изменения в уставах духовных школ: был увеличен штат их преподавателей и сделаны разные перемены в составе курсов, большей частью отрывочные и случайные, бывшие плодом пожеланий разных высокопоставленных лиц и не соображенные с общей системой духовного образования. Вновь введены были науки - патристика, пастырское и собеседовательное богословие и, кроме того, очень разнообразные знания чисто практического характера, которые почему-нибудь признавались полезными для будущих пастырей церкви - сельское хозяйство, съемка и черчение планов, медицина и оспопрививание, иконописание; богословские предметы были распространены из высшего специального отделения, где они изучались цельной группой, на все низшие общеобразовательные классы, только путая курсы последних, а сами ничего от этого не выигрывая; философия для будущих пастырей церкви признана не нужной, и из нее в семинариях оставлены были только логика и опытная психология. Несмотря на все такие перемены, уставы Александровского времени в основных своих частях успели просуществовать до 1860-х годов, когда они признаны были уже устаревшими и задумана была новая реформа духовных школ.

Дальнейшие реформы духовных школ. Потребность этой новой реформы была особенно ощутима в экономической части духовных школ, доходивших до положительного убожества. И в семинариях, и в академиях открылись такие дефициты, которых им никак невозможно было покрыть ни своими средствами, ни единовременными пособиями, какие им иногда отпускались. Казеннокоштные ученики голодали; здания училищ оставались без ремонтов; наставники уходили со своей службы при первой возможности даже на низшие должности по другим ведомствам, что весьма дурно отзывалось и на учебной части; в управлении духовных школ бюрократическая система духовно-учебного управления до крайности развила власть ректоров и смотрителей и довела весь основной учебно-педагогический состав заведений до полного безгласия, очень вредного для их общего дела. Новая реформа духовных училищ обсуждалась долго - с 1860 до 1866 г. двумя специальными комитетами, епархиальными архиереями, ректорами, академическими конфедерациями и даже современной печатью, чего раньше никогда не бывало при обсуждении такого рода вопросов. Дело преобразования особенно успешно двинулось вперед после того, как на помощь духовно-учебным заведениям выступило само правительство, ассигновав в пользу их казенное пособие в размере 11/2 миллиона руб. сер. B мае 1867 г. духовно-учебное управление было заменено духовно-учебным комитетом и утверждены новые семинарский и училищный уставы, а в 1869 г. устав академический. Администрация духовно-учебной части получила новый вид; она была сосредоточена в одном духовно-учебном комитете; академические округи были упразднены, и академии освобождены от несвойственных им административных забот. Во внутреннем управлении духовных школ проведены начало самоуправления и начало выборное. Первое выразилось в особом устройстве академических, семинарских и училищных правлений, педагогических собраний и академических советов; второе в выборном характере всех должностных лиц, кроме ректоров академий. Академии, сверх того, получили нечто вроде факультетского самоуправления, будучи разделены каждая на три специальных отделения с тремя помощниками ректора во главе и с особым кругом дел, решаемых на отделенских собраниях. Таким образом, во всех делах духовно-учебных заведений заинтересованы сами не одни только их начальства, но и все вообще члены их учебного и педагогического состава. B делах семинарий и училищ призвано было к участию и местное духовенство, получившее право и обязанность выставлять из своей среды в их правления определенное число выборных членов-депутатов. Учебная часть семинарий и училищ организована была с более стройным распределением предметов общеобразовательного и специального курсов, хотя некоторые богословские предметы и теперь еще смешаны были с общеобразовательными в низших классах, а классическим языкам дана не столько общеобразовательная, сколько специальная постановка, подавлявшая занятия всеми другими, даже богословскими предметами; для сокращения семинарского курса из него выпущены были библейская история, учение ο богослужебных книгах и патристика, но зато обширнее поставлено преподавание философии. Важным нововведением и в семинарском, и в академическом курсах было введение в них изучения педагогики, при котором имелось в виду ближайшее участие духовенства в деле народного образования. Β основу академического образования положено было начало специализации наук, для чего последние были разделены на три отделения, на которые студенты записывались по желанию; общеобязательных наук оставлено было немного. Специальное образование от этого много выиграло, но, вследствие общей слабости в наших средних заведениях образования общего, в специальном академическом образовании стала замечаться такая же односторонность и узость, как в университетском факультетском, отчего скоро снова возник вопрос об увеличении круга общеобязательных наук в академиях. Самой благотворной стороной новой учебной реформы было возвышение духовно-училищных окладов, прекратившее прежнее бедственное состояние духовных школ. Для усиления средств духовного ведомства с 1870 г. свечной сбор с церквей был заменен процентным со всех церковных доходов, по 10-21% с каждой церкви. Через 15 лет в 1884 году последовала новая реформа духовных школ. Уставы, вышедшие в этом году, остаются действующими доселе. К числу важнейших событий в истории духовных школ за последнее время относится новое возвышение окладов и пенсий по духовно-учебному ведомству в 1894 году.
Нельзя не упомянуть здесь ο размножении в последнее время новых школ для образования духовных девиц, на которое прежде мало обращалось внимания. Начало этим школам было положено в 1843 году ведомством Императрицы Марии - первое училище за счет этого ведомства было открыто в Царском Селе; за ним стали открываться другие - в 1845 году в Солигаличе, вскоре переведенное в Ярославль, в 1853 - в Казани, в 1854 - в Иркутске, в 1860 - в Вильне и Пензе, в 1861 г. в Киеве и т. д. С 1860-х годов, с возбуждением в среде духовенства сословной самодеятельности, по епархиям начали заводиться епархиальные женские училища, содержащиеся на суммы самого епархиального духовенства. Они имеются уже в значительном большинстве епархий, служа не только к подъему образования в духовных семействах, но и к подготовке лучших учительниц для церковно-приходских школ.