Полномочия епархиальной власти, по законам Петра Великого, должны были простираться на все церковные учреждения и на всех людей, находящихся в епархии, без исключения.

Но исключения все-таки были, и остались. Кроме ставропигиальных монастырей, из круга епархиального ведомства выделилось придворное духовенство, подчиненное Синоду и дворцовому управлению и поставленное под непосредственное начальство протопресвитера - духовника их Величеств. На тех же началах при имп. Павле в особое ведомство выделилось духовенство военное. B прежнее время оно находилось в подчинении епархиальным начальствам по местам расположения полков и только в военное время поступало под ведение особых флотских обер-иеромонахов и полевых обер-священников, учрежденных воинским (1716 г.) и морским (1720 г.) уставами Петра. При имп. Павле в 1800 г. учреждена должность постоянного обер-священника, который и был поставлен во главе всего духовенства армии и флотов. B 1816 г. из его управления выделилось еще новое особое управление духовенством гвардейских полков под ведением обер-священника главного штаба и гвардии. B 1840 г. учреждена должность обер-священника в отдельном Казанском корпусе, впрочем, с подчинением обер-священнику армии и флота. Все это управление военным духовенством непосредственно подчинено Св. Синоду и организовано независимо от епархиальных властей, с особыми собственными благочинными, судом и отчетностью. Первый обер-священник при Павле Озерецковский, с разрешения государя, устроил в Петербурге даже особую семинарию для детей военного духовенства, называвшуюся армейской. Но она существовала только до 1819 г., потом ученики ее были распределены по епархиальным духовным школам. B 1858 г. обер-священники переименованы в главных свяшенников. B 1890 г. все управление военным духовенством объединено под ведомством одного протопресвитера военного и морского духовенства и состоящего при нем духовного правления.