После кратковременного царствования преемника Елизаветы Петра III, пропитанного немецкими и протестантскими понятиями и угрожавшего православной церкви новым господством немецкого духа, настало царствование Екатерины II - императрицы-философа XVIII века, и в России настал свой философский век.

Подобно другим государям-философам тогдашней Европы и их министрам, она старалась создать свою правительственную систему на основах тогдашней модной французской философии, которая смотрела на религию, как только на известный род "народного умоначертания" и полезное орудие для управления народами, каково бы ни было ее внутреннее содержание. Все эти государи и политики единодушно восставали против католической теории двух властей, стараясь сделать церковь учреждением только государственным, и против всяких проявлений клерикализма, охотно участвовали в развитии идеи веротерпимости, считая государство по существу индифферентным ко всякой религии, в ломке папского престола, инквизиционных трибуналов, даже клерикальных школ, в ослаблении монашеских орденов, сокращении числа монастырей и особенно в выгодной для казны секуляризации церковных имуществ. У нас никогда не было ни папства, ни унижения государственной власти пред духовной, ни инквизиции, ни монашеских орденов, ни даже систематического клерикализма; но, за неимением своей русской точки зрения на дело, западная точка зрения принята была в руководство и нашими политиками. У нас тоже заговорили и против религиозного фанатизма, и против теории двух властей, и об ослаблении какого-то опасного могущества духовенства, и об отнятии y него церковных имуществ. Одним из первых и важнейшим делом императрицы, за которое ее восхвалили все мудрецы Европы, было именно дело секуляризации церковных имений.
B строе высшего церковного управления крупных времен при ней не было, кроме закрытия при Синоде коллегии экономии, ведавшей церковные вотчины; но произведена была важная перемена в личном составе этой администрации, наполнявшемся до сих пор малороссами, мало соответствовавшими видам нового правительства. Точно так же, как в свое время Петр I для интересов реформы старался замещать важнейшие церковные места новыми людьми из ученых малороссов, Екатерина II, ввиду новых реформ, спешила выдвигать на первый план в церковной администрации новых людей из ученых великорусских монахов, готовых со всем усердием служить власти, которая теперь милостиво поднимала их из прежнего их унижения перед малороссами. Административной монополии малороссов и без того, впрочем, пора было прекратить свое существование. Она уже сослужила свою службу в Великороссии, воспитав достаточное число молодых местных сил, и поддерживать ее дольше было незачем, это вело только к лишнему ропоту великорусского духовенства. Β 1754 году сама императрица Елизавета, особенно любившая малороссов, нашла нужным издать указ, чтобы в архиереи и архимандриты представляемы были не одни малороссы, но и великороссы. Первенствующий пост в Святейшем Синоде при воцарении Екатерины занимал великоросс Димитрий Сеченов, архиепископ Новогородский; вслед за ним еще при Елизавете возвысился архимандрит Троицкой лавры, известный оратор Гедеон Криновский, получивший при Екатерине псковскую кафедру. При их поддержке возвысились потом воспитанники московской академии: Гавриил Петров, в 1763 году посвященный в епископа Тверского, а в 1770 году сделанный архиепископом Петербургским, - архиерей-аскет, мудрый, скромный и исполнительный в делах; Платон Левшин, в начале правления Екатерины бывший ректором академии, человек живой, впечатлительный, возбуждавший общие к себе симпатии, великий оратор и первая знаменитость своего века; Екатерина сделала его придворным проповедником и законоучителем наследника Павла Петровича; с 1768 года он был членом Синода, а в 1770 г. - епископом Тверским после Гавриила. B 1763 году, по смерти Гедеона, псковским епископом был назначен тоже видный великоросс Иннокентий Нечаев. Эти лица участвовали в исполнении всех первоначальных действий правительства по церковным вопросам. Димитрий и Гедеон благополучно провели дело ο секуляризации церковных вотчин; Гавриил, Иннокентий и Платон, по поручению правительства, в 1766 году занимались составлением обширного проекта ο преобразовании духовных школ, не приведенного, впрочем, в исполнение, и рассматривали написанный Екатериной Наказ комиссии ο составлении нового Уложения; Димитрий, а по смерти его (+ 1767) Гавриил были представителями Святейшего Синода в самой комиссии. Между тем малороссы все более и более падали в глазах императрицы, и постепенно сходили со своих постов. Самый энергичный из них - Арсений Ростовский погиб за протест против секуляризации церковных вотчин; дело его всего более повредило репутации малороссийской партии иерархов. Другой видный архиерей южного происхождения Амвросий Зертис-Каменский, сначала Крутицкий, потом с 1767 года Московский, успевший было понравиться императрице, вооружил против себя всю Московскую епархию своей строгостью, доходившей до жесткости, и был убит чернью во время известного бунта в Москве по случаю чумы 1771 года. На место его в 1775 году был назначен Платон. Некоторые архиереи-малороссы были уволены на покой по жалобам епархиального духовенства на суровость их управления, в том числе в 1768 году тобольский митрополит Павел Конюскевич, ревнитель миссионерства, исправитель нравов сибирского духовенства и человек святой жизни (скончался в Киевской лавре в 1770 г.). До какой степени Екатерина была подозрительна в отношении к этим архиереям, показывает судьба Вениамина Пуцека-Григоровича Казанского. Екатерина застала его архиепископом петербургским и немедленно перевела в Казань, где он особенно прославился своей миссионерской деятельностью. Во время Пугачевского бунта он первый из архиереев восстал против Пугачева, принявшего имя Петра III, разослав по своей епархии увещательные грамоты, в которых обличал самозванца, как личный участник погребения истинного Петра III. Несмотря на такую услугу правительству, он был подвергнут оскорбительному аресту по одному бездоказательному оговору какого-то пугачевца-дворянина в том, будто бы он был сам сообщником Пугачева и посылал бунтовщикам деньги. После Екатерина убедилась в его невиновности и поспешила утешить его милостивым рескриптом и саном митрополита, но это не вылечило уже его от паралича, который разбил его при аресте. Преемником его с 1783 года назначен был великоросс из воспитанников московской академии Амвросий ІІодобедов. Кое-каким вниманием императрицы пользовались только два архиерея из малороссийской партии - Георгий Конисский Белорусский и Самуил Миславский Киевский (с 1783 года), преобразователь Киевской епархии по образцу великорусских.
B обер-прокуроры выбирались люди самых модных понятий ο религии и церкви. Таков в 1760-х годах был Мелиссино, известный любопытным проектом наказа депутату Св. Синода в комиссию об Уложении; тут были изложены самые либеральные предложения ο сокращении постов, об ослаблении почитания икон и мощей, сокращении богослужения, отмене содержания монахам, ο посвящении епископов без монашества, ο "пристойнейшей" одежде для духовенства, об уничтожении поминовения умерших, облегчении разводов, дозволении браков свыше трех и т. д.; Св. Синод отклонил этот проект и составил свой собственный. После Милиссино обер-прокурором был Чебышев (1768-1774), открыто щеголявший атеизмом и мешавший изданию сочинений, направленных против современного неверия. Из подозрения к "фанатизму" духовенства в 1782 г. из духовного ведомства изъяты были в ведомство светского суда все дела ο религиозных хулах, ο нарушении чинности в богослужении, ο колдовстве и вообще ο суевериях. Мнения членов Синода редко принимались в уважение, кроме мнений двоих наиболее приближенных к императрице членов - Гавриила и духовника государыни протоиерея Иоанна Памфилова. Последний был своего рода временщиком и между прочим заступником за белое духовенство против монашествующего и архиереев; в 1786 г. императрица пожаловала ему митру - награду, доселе неслыханную в белом духовенстве и возбудившую неудовольствие в среде монашества и архиереев, видевших в ней унижение митры. Члены Синода не скрывали недовольства своим положением, особенно живой и откровенный Платон. Привыкши к тому авторитету и благоговению, каким архипастырский сан пользовался в религиозной Москве, он с каждым годом все более и более тяготился своими поездками в Петербург для заседаний в Синоде, а c 1782 г. и вовсе перестал туда ездить, просил даже об увольнении на покой. Императрица его не уволила, но, видимо, охладела к нему и обходила его наградами. Только в 1787 г. она пожаловала его митрополитом, тогда как Гавриил и Самуил Киевский получили этот сан еще в 1783 г. Гавриил сохранил ее благоволение до конца царствования; всегда ровный, спокойный, всегда стоя на законной точке зрения, "резонабельный муж," как его называла Екатерина, умел проявлять свою ревность ο церкви так, что никогда не производил этим раздражения, и при случае сказать веское слово, которое даром не пропадало. Императрица постоянно призывала его в свои советы и приказала сноситься с ним по делам генерал-прокурорской канцелярии Сената.
Положение Гавриила пошатнулось уже при императоре Павле I. Крутому и нетерпеливо-вспыльчивому государю не понравилось, что митрополит не сочувственно отнесся к вновь введенному награждению духовных лиц государственными орденами и решительно отказался от пожалования кавалерством (католического) Мальтийского ордена, которым государь чрезвычайно увлекался. К концу 1800 г. митрополит был уволен на покой и вскоре скончался; место его занял Амвросий Казанский. Митрополиту Платону как учителю императора сначала все предрекали высокое положение в новое царствование, но и он не угодил государю, потому что тоже был против орденов и умолял дозволить ему - православному архиерею - умереть архиереем же, а не кавалером; государь насильно надел на него орден св. Андрея Первозванного. С 1797 г., когда ему было объявлено запрещение выезжать из Москвы, он не принимал никакого участия в высшем церковном управлении и оставался в тени до самой кончины, последовавшей в ноябре 1812 г.