Феофан не дождался конца всех этих розысков; он умер в сентябре 1736 г.

B последнее время он достиг до такой высоты власти, до какой не достигал ни один из архиереев после патриархов. Он был другом Бирона и Остермана и богатейшим сановником в России. Все архиереи по необходимости преклонялись перед ним. Ученая репутация его стояла высоко не только в России, но и на западе; вся русская церковная литература сосредоточивалась около него и зависела от его одобрения; его знакомства искали и русские, и иностранные ученые и писатели; он был сильным покровителем молодых талантов, в том числе Кантемира и Ломоносова. На смертном одре, готовясь предстать на суд Божий, этот величайший ум своего века, предмет удивления для одних и ненависти для других, тоскливо восклицал, обращаясь к себе: "Главо, главо! Разума упившись, куда ся преклонишь?" Память его омрачена связью с тайной канцелярией, с ужасами бироновщины; но при оценке его личности не надобно забывать и того, что его время было временем постоянных переворотов в судьбе сильных людей, временем "случая," как выражались современники, когда человек, поднявшийся на высоту, часто должен был гибнуть где-нибудь в Березове, Пелыми, Охотске или сам губил других, когда в жизни действовали не право или мораль, а слепой инстинкт самосохранения; не нужно забывать того, что и среди такой обстановки он сумел остаться "дивным первосвященником," как его назвал Кантемир, один неизменно и твердо отстаивал знамя реформы и сумел неразрывно связать свои личные интересы с интересами церковных преобразований и просвещения, чего не сумели сделать его противники. После его смерти поднятые им розыски продолжались своим чередом. Лишились кафедр архиереи Досифей Курский (1736), Иларион Черниговский (1738), Варлаам Псковский (1739). Несчастный Феофилакт, содержавшийся до сих пор под синодальным арестом, в 1738 г. попал в тайную канцелярию, измучен пытками, лишен сана и посажен в Выборгский замок. Множество духовных лиц было заточено по монастырям и крепостям и сослано в Сибирь.