Еще хуже сделалось положение Святейшего Синода при молодом Петре II, когда всеми делами государства ворочали исключительно временщики - сначала Меньшиков, потом Долгорукие.

Реакционный характер этого царствования способствовал еще большему подъему значения великорусской партии иерархов. Георгий Дашков провел Льва Юрлова до архиерейства в Воронежской епархии и успел ввести в Синод еще нового члена из великороссов, старого опального митрополита Игнатия Смолу, который был вызван теперь из своего Ниловского заточения на Коломенскую кафедру. Все они дружно стали действовать против Феофана. Феофилакт, единственный кроме него ученый член, не пристал к ним, но сделал Феофану большую неприятность, издав в 1728 году, с разрешения верховного совета, труд Яворского - "Камень веры," обличавший те самые ереси, в каких враги обвиняли Феофана. Β кружках старинного вельможества и духовенства заговорили даже о восстановлении патриаршества. Положение Феофана, бывшего теперь единственным представителем Петровских идей в Синоде, сделалось крайне опасным и заставляло его напрягать в разгоревшейся борьбе все свои силы и всю изворотливость. Оружие в этой борьбе y его противников было прежнее, которым он был встречен в Москве еще в 1718 г. при Стефане Яворском - это обвинение в ересях. Β роли обвинителя, весьма неудобной для таких плохих богословов, как Георгий, выставлен был один из киевских же ученых, архимандрит юрьевский Mаркелл Родышевский, знавший Феофана еще с академии и одно время служивший y него в Псковской епархии судьей архиерейского дома. Еще в 1726 году им подан был Святейшему Синоду донос на Феофана в 47 пунктах, будто он, Феофан, не признает церковных преданий и учения святых отцов, не чтит святых икон и мощей, отрицает оправдание делами, смеется над церковными обрядами, акафистами, сказаниями Миней и Прологов, отвергает некоторые правила Кормчей, хулит церковное пение, а хвалит лютеранские органы, желает искоренить монашество и т. д. Так истолкованы были в доносе разные места из сочинений и устные речи Феофана, в которых выражалась его действительно подчас слишком горячая полемика или против католичества, или против домашних русских суеверий и обрядоверия. Дело это кончилось тогда заключением Маркелла в Петропавловскую крепость и внушением Феофану от лица императрицы, чтобы он впредь никаких противностей православной церкви не чинил, а жил, как живут все "великороссийские" архиереи. При Петре II Маркелл напал, как на еретические, на разные сочинения Феофана - букварь, толкование блаженств, об обливательном крещении и другие, прося y Синода немедленного осуждения и их, и их автора. На этот раз донос его уже вовсе не имел силы; Феофану легко было доказать, что все эти сочинения написаны были им по мысли Петра Великого и изданы с разрешения Святейшего Синода, и обвинить самого доносчика в том, что он осмелился винить в ересях самый Синод и "терзать славу толикаго монарха." Потерпев неудачу в Синоде, Маркелл обратился к тайной канцелярии и донес ей, что Феофаном была написана "Правда воли монаршей" - сочинение, направленное к лишению наследия престола царевича Алексея, следовательно, противное и царствующему государю - сыну Алексея; но тайная канцелярия и без доноса хорошо знала это, равно как и то, что сочинение это написано было тоже по воле Петра Великого. Доносчик подвергся новому заключению - в Симонов монастырь. Феофан таким образом оставался цел и невредим; но положение его было все-таки очень шатко - Дашков все усиливался, и Феофану могла грозить впереди та же участь, какую недавно испытал другой нелюбимый великороссами черкашенин Феодосий. Его избавила от тяжких тревог неожиданная кончина Петра II (в январе 1730 года), за которой последовали восшествие на престол Анны Иоанновны и падение верховников. Сошедшись с духовником Анны Иоанновны, архимандритом Варлаамом, Родышевский хотел было и при ней продолжать свои нападения на Феофана; в своем Симоновском заточении он начал составлять против него новые обвинения, написал несколько тетрадей, в которых, кроме указанных сочинений, подверг резкой критике написанный Феофаном указ 1724 года о монашестве и самый Духовный регламент. Но при императрице Анне настали уже другие времена, когда вошли в силу не обвинения в ересях, а доносы политические, а этим оружием Феофан умел владеть лучше своих противников. Самую крепкую опору он нашел себе в господствовавшей при дворе немецко-курляндской партии, с интересами которой множеством нитей связывались его собственные интересы. Та же самая партия старинных людей, которая угрожала недавно ему, была теперь грозой и нового курляндского правительства. Последнее живо чувствовало свою ненациональность и слабость в России, хорошо знало, что право на престол, по завещанию Екатерины I, принадлежало не Анне Иоанновне, а дочерям Петра Великого с их потомством, и подозрительно прислушивалось ко всяким заявлениям в народном и православном духе и к толкам о цесаревне Елизавете, о сыне покойной царевны Анны Петре Голштинском и даже ο царице Евдокии Лопухиной. Полемика против немецких ересей и обвинение в них кого-нибудь при таких обстоятельствах легко становились признаком политической неблагонадежности самих обвинителей и полемистов и влекли за собой неизбежные допросы в тайной канцелярии. За падением верховников скоро последовало и падение поддерживаемой ими великорусской партии в Синоде. Первым из архиереев попался в политическом деле Лев Юрлов, на которого было донесено из Воронежа, что, по получении здесь первого сенатского указа ο восшествии на престол императрицы Анны, он не отслужил торжественного молебствия, а стал для того ждать еще особого указа из Св. Синода, в ожидании же этого несколько запоздавшего указа распорядился поминать царствующее семейство по порядку старшинства, начиная с царицы Евдокии. Β Синоде, по влиянию Георгия и Игнатия, отнеслись к этому доносу легко и отложили его рассмотрение до новых разъяснений из Воронежа. Но вслед за этим все члены, кроме Феофана, вдруг были уволены из Синода и на места их назначены другие - Леонид Крутицкий, Иоаким Суздальский и Питирим Нижегородский - все такие архиереи, которые вполне подчинялись Феофану; тогда же, кроме архиереев, в состав Синода опять, как при Петре, введены были архимандриты и протоиереи. По делу Льва началось следствие, к которому притянуты были и его доброжелатели, Георгий с Игнатием; все трое были признаны противниками царствующей императрицы, обвинены, кроме того, в разных злоупотреблениях по своим епархиям и по лишении сана разосланы в разные монастыри. Β том же 1730 году был лишен сана и заточен в Кириллов монастырь Варлаам Вонатович Киевский за то, что, как и Лев, тоже не отслужил вовремя молебна на восшествие императрицы на престол; но больше всего он провинился в том, что плохо удерживал свое духовенство от толков об еретичестве Феофана и дозволил y себя в Киеве новое издание "Камня веры." Β следующем году был лишен сана и посажен в Выборгскую крепость архиерей той же великорусской партии Сильвестр Казанский, на которого донесли, что при Екатерине он запрещал поминать Св. Синод при богослужении, рвал и велел переписывать на свое имя прошения, подаваемые ему на Высочайшее имя, говорил об императрице Анне противные речи, делал лишние поборы по епархии и прочее.
Β начале 1737 года Феофан принялся и за Родышевского и донес ο его тетрадях кабинету министров: не распространяясь ο богословской стороне Маркелловых обвинений, он обратил внимание кабинета главным образом на то, что хула Маркелла против книг, изданных по указам государя и Св. Синода, даже против Духовного регламента, содержащего действующее законоположение, есть прямое противление власти; потом выставил на вид нападки автора на лютеран и и кальвинистов и на тех, кто с ним дружбу имеет, и поставил многознаменательный вопрос, кого это разумеет тут Родышевский с братией. После этого дело пошло, разумеется, через тайную канцелярию. Розыск по этому делу запутал в свои извороты и погубил множество лиц всякого звания, или читавших тетради Маркелла, или просто только слышавших об их существовании. С этих пор политические розыски не прекращались во все царствование императрицы Анны. По монастырям и y разных грамотеев отыскивали всякие тетрадки, записки, выписки, в которых предполагалось что-нибудь "противное," и всех их читателей и владельцев тянули к розыскам. Феофану удалось внушить подозрительному немецкому правительству, что в России существует опасная "злодейская факция*," которую непременно надобно открыть и истребить. Арестованных допрашивали не ο каком-нибудь определенном предмете, а вообще обо всем, кто что говорил, замышлял или слышал "противное"; разыскивая одно, неожиданно набродили на другое; распутывая одну факцию, запутывались в другой новой. Ввиду пыток, допрашиваемые в тайной канцелярии страшно ломали свои головы, припоминая, кто что говорил или слышал за последние несколько лет, путались сами, запутывали и других. Громадное следствие усложнялось все новыми эпизодами и затягивало в свои извороты все новых и новых лиц. Из Москвы оно перекинулось в Тверь, где были арестованы иеромонах Иосиф Решилов, заподозренный в составлении одного подметного письма с пасквилем на Феофана и порицаниями на немецкое правительство, архимандрит Иоасаф Маевский из ученых киевлян и разные лица тверского архиерейского дома, близкие к Феофилакту Лопатинскому, который и сам подозревался в "противностях," - затем, распространилось на Устюг, Вологду, на многие монастыри, Саровскую пустынь, задело множество светских лиц, начиная от каких-нибудь богадельных грамотников и доходя до очень высокопоставленных людей, даже до лица цесаревны Елизаветы, которую многие желали видеть на престоле. Из духовных лиц никто не мог быть уверен в том, что кто-нибудь из знакомых не помянет его имени на пытке и его самого не схватят в тайную канцелярию. B 1735 году был арестован и Феофилакт, за которым числилась важная вина, издание "Камня веры," и который, кроме того, по своей чистосердечной откровенности и доверчивости к окружающим, не раз дозволял себе лишние речи и ο патриаршестве, и ο Феофане, и ο немцах, и ο том, что императрица Анна села на престол, обойдя цесаревну.